Как сообащется на сайте Таможенной службы Украины, в наследство от Советского Союза Украина получила 25 таможен, 49 таможенных постов с численностью личного состава в 2 тыс. чел. В 1991 г. функционировало 29 автомобильных пунктов пропуска, 14 железнодорожных, 4 авиационных и 17 морских и речных пунктов пропуска, которые были сосредоточены преимущественно на западе и юге страны. Законы "О таможенном деле в Украине" (от 25 июня 1991 г.), "О едином таможенном тарифе" и Таможенный кодекс (введенные в действие в 1991-1992 гг.) стали законодательной основой для образования таможенной системы Украины.
История Харьковской таможни началась в середине XVII в. и просуществовала с 1660 по 1753 гг., когда указом императрицы Российской империи Елизаветы были отменены все внутренние таможни России. На Слобожанщине осталась только приграничная таможня в Изюмском Слободском полку. С 18 июня 1870 г. в Харькове стала действовать Харьковская главная складская таможня - одна из 10 внутренних таможен России. Здание, где она располагалась, сохранилось и сейчас (Полтавский шлях, 45). Эта таможня просуществовала до 1923 г.
Нынешняя Харьковская таможня включает пункты пропуска в Харькове и 18 районах области,а также международный пункт пропуска "Харьков-Аэропорт". На 1 апреля в зоне деятельности таможни аккредитовано 8660 субъектов предпринимательской деятельности. С начала 2007 г. (по состоянию на 20 июня) таможня перечислила в госбюджет 522 млн.грн. платежей.