С осени 2007 г. Б.Патаркацишвили, находившийся в оппозиции к грузинскому президенту Михаилу Саакашвили, занялся публичной политической деятельностью. После разгона антипрезидентского митинга в Тбилиси в ноябре 2007 г. Б.Патаркацишвили призвал оппозицию к объединению для борьбы с М.Саакашвили, играл важную роль в финансировании деятельности оппозиции. После этих заявлений правительством Грузии было приостановлено вещание ранее принадлежавшей Б.Патаркацишвили телекомпании "Имеди". В декабре 2007 г. Б.Патаркацишвили стал одним из оппозиционных кандидатов в президенты Грузии, всю предвыборную кампанию он провел в Англии и оттуда руководил деятельностью избирательного штаба. На президентских выборах он занял третье место.
После этого на Б.Патаркацишвили были заведены уголовные дела о якобы готовившемся оппозиционером государственном перевороте. Основанием стали аудиозаписи переговоров, которые Б.Патаркацишвили якобы вел со своими единомышленниками и некоторыми государственными чиновниками Грузии.
В начале января 2008 г. Б.Патаркацишвили заявил, что не рассматривает возможность возвращения на родину из-за угрозы его жизни и свободе, и уехал в Лондон на постоянное жительство.